ТОО "КТЖ-Грузовые перевозки" было создано в июне 2016 года в результате реализации проекта по поэтапному переходу к целевой организационной структуре в рамках Программы трансформации бизнеса.В структуре ТОО "КТЖ-Грузовые перевозки" имеется филиальная сеть, сформированная из отделений дорог и локомотивных депо, осуществляющих обслуживание клиентов по сети железных дорог Казахстана и предоставляющая полный комплекс услуг по транспортировке грузов.
Данный проект позволил оптимизировать ряд дочерних организаций АО "НК "КТЖ".